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2026-790 - A1A41 - Ingénieur-e biologiste en analyse de données H/F

Mon, 03 Aug 2026 13:09:24 Z

Domaine / métier : SCIENCE - BAP A : Sciences du vivant, de la terre et de l’environnement/A1A41 - Ingénieur-e biologiste en analyse de données
Poste ouvert aux : : Contractuels
Description du poste :
Vous rejoindrez une équipe de recherche dynamique impliquée dans un projet européen visant à comprendre comment les caractéristiques moléculaires du moustique tigre, son microbiote et les conditions environnementales locales influencent sa capacité à transmettre les quatre sérotypes du virus de la dengue. Vous jouerez un rôle central dans l’analyse, l’intégration des données transcriptomiques et métagénomiques produites dans le cadre des différentes actions du projet TIGRUN. Ces données seront issues de plusieurs tissus du moustique, de différents temps post-infection, des quatre sérotypes du virus de la dengue et de populations naturelles provenant de plusieurs zones microclimatiques de La Réunion. Vos principales missions: -Concevoir, développer, optimiser et documenter des pipelines bioinformatiques reproductibles pour l’analyse de données de séquençage à haut débit Assurer le contrôle qualité, le prétraitement, l’alignement, la quantification et l’analyse statistique des données transcriptomiques issues des différents tissus et conditions expérimentales Conduire les analyses d’expression différentielle et contribuer à l’identification de signatures moléculaires, de voies biologiques et de réseaux de gènes associés à l’infection par les différents sérotypes du virus de la dengue Analyser les données de métagénomique shotgun afin de caractériser la diversité taxonomique et fonctionnelle des microbiotes associés aux populations naturelles d’Aedes albopictus Réaliser des analyses comparatives permettant d’étudier les variations du microbiote entre les localités, les conditions environnementales et les modalités de collecte des moustiques Intégrer les données transcriptomiques et métagénomiques aux métadonnées expérimentales, environnementales et entomologiques, notamment les tissus étudiés, les sérotypes viraux, les temps post-infection, les microclimats et les niveaux de compétence vectorielle Contribuer à l’interprétation biologique des résultats en interaction étroite avec les différents membres et partenaires scientifiques du projet Assurer la structuration, la documentation, la traçabilité et la gestion des données produites, dans le respect des principes de reproductibilité et de science ouverte ; Développer et maintenir un site web interactif destiné à la consultation et à la visualisation des données transcriptomiques et métagénomiques du projet par la communauté scientifique Contribuer à la rédaction d’articles scientifiques, de rapports techniques et de documents de valorisation Présenter les résultats lors de réunions de consortium, de séminaires et de congrès scientifiques nationaux et internationaux Participer au transfert de compétences en bioinformatique et à l’accompagnement des étudiants et personnels impliqués dans le projet. Ce poste vous permettra d’évoluer dans un environnement scientifique multidisciplinaire et international génomique, virologie, entomologie médicale, microbiologie et écologie de la santé.

Le profil que nous recherchons Formation Doctorat en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique, biostatistique, biologie des systèmes ou dans une discipline apparentée. Compétences scientifiques et techniques Vous possédez idéalement plusieurs des compétences suivantes : - expérience confirmée dans le traitement et l’analyse de données issues du séquençage à haut débit ; - expertise en analyse de données transcriptomiques, notamment RNA-seq, contrôle qualité, quantification, normalisation et expression différentielle ; - expérience en métagénomique shotgun, en analyse de microbiomes ou dans le traitement de données métagénomiques ; - maîtrise avancée des environnements Linux et des langages de programmation utilisés en bioinformatique, notamment R, Python et Bash ; - solides compétences en statistiques appliquées aux données biologiques multidimensionnelles ; - maîtrise des outils de visualisation et d’interprétation des données génomiques et multi-omiques ; - connaissance des bases de données biologiques, des méthodes d’annotation fonctionnelle et des standards associés aux données omiques ; - expérience dans la conception de pipelines automatisés, documentés et reproductibles ; - capacité à structurer, documenter et gérer des jeux de données complexes et leurs métadonnées ; - connaissances en développement d’interfaces web, de bases de données ou d’applications interactives de visualisation appréciées ; - connaissances en virologie, microbiologie, entomologie médicale ou biologie des vecteurs appréciées. Qualités personnelles Vous êtes reconnu(e) pour : - votre rigueur scientifique et votre capacité d’analyse ; - votre autonomie, votre esprit d’initiative et votre sens de l’organisation ; - votre aptitude à conduire plusieurs analyses complexes dans le respect des échéances du projet ; - votre capacité à travailler à l’interface entre bioinformatique et biologie expérimentale ; - vos qualités rédactionnelles et votre aptitude à communiquer les résultats scientifiques à l’écrit comme à l’oral. Une bonne maîtrise de l’anglais scientifique est également attendue.

2026-791 - A1A43 - Ingénieur-e biologiste en laboratoire H/F

Mon, 03 Aug 2026 12:52:36 Z

Domaine / métier : SCIENCE - BAP A : Sciences du vivant, de la terre et de l’environnement/A1A43 - Ingénieur-e biologiste en laboratoire
Poste ouvert aux : : Contractuels
Description du poste :
Vous rejoindrez une équipe de recherche dynamique impliquée dans un projet européen ambitieux visant à mieux comprendre les mécanismes biologiques qui gouvernent la transmission des virus de la dengue par le moustique tigre Aedes albopictus. En étroite collaboration avec les chercheurs, ingénieurs et partenaires du consortium, vous contribuerez au développement d'approches expérimentales innovantes permettant d'explorer les interactions entre le virus, le moustique vecteur et son environnement. Vous participerez ainsi à la production de données originales destinées à améliorer la compréhension des maladies vectorielles et à développer de nouvelles stratégies de prévention. Vos principales missions seront les suivantes : - assurer la culture de cellules Vero E6 ainsi que la production, le titrage et le contrôle qualité des quatre sérotypes du virus de la dengue ; - participer à l'élevage, au maintien et au suivi de colonies expérimentales de Aedes albopictus en insectarium ; - conduire des infections expérimentales en environnement confiné BSL3/I3 dans le respect des procédures de biosécurité ; - réaliser la dissection fine des principaux tissus du moustique (intestin, glandes salivaires, tubules de Malpighi et ovaires) destinés aux analyses moléculaires ; - réaliser les extractions d'ARN et d'ADN de haute qualité en vue d'analyses transcriptomiques et métagénomiques à haut débit ; - participer aux expérimentations permettant d'évaluer la compétence vectorielle des moustiques vis-à-vis des différents sérotypes du virus ; - contribuer à l'optimisation des protocoles expérimentaux, au suivi des procédures qualité et à la traçabilité des échantillons biologiques ; - participer à l'analyse, à l'interprétation et à la valorisation scientifique des résultats obtenus, en interaction avec les différents partenaires du projet ; - contribuer à la rédaction d'articles scientifiques, de rapports techniques et à la présentation des résultats lors de réunions et de congrès nationaux et internationaux. Ce poste vous permettra d'évoluer dans un environnement scientifique multidisciplinaire, au sein d'un consortium mobilisant des technologies de pointe en virologie, biologie moléculaire, transcriptomique, métagénomique et bio-informatique. Vous participerez directement à un projet de recherche à fort impact pour la compréhension et la prévention des maladies infectieuses émergentes.

Vous possédez idéalement plusieurs des compétences suivantes : - excellente maîtrise des techniques de culture cellulaire ; - expérience en virologie expérimentale ou dans la manipulation d'agents infectieux ; - solide maîtrise des techniques de biologie moléculaire (PCR, RT-qPCR, extraction d'ARN et d'ADN, préparation d'échantillons) ; - expérience des approches transcriptomiques, métagénomiques ou plus largement des technologies "omics" ; - connaissances en entomologie médicale, biologie des vecteurs ou compétence vectorielle appréciées ; - connaissance des procédures de biosécurité applicables aux laboratoires confinés (BSL2/BSL3) ou aptitude à les acquérir rapidement ; - capacité à assurer une traçabilité rigoureuse des expérimentations et des données scientifiques ; - maîtrise des outils bureautiques et aisance dans la gestion de données expérimentales. Qualités personnelles Vous êtes reconnu(e) pour : - votre rigueur scientifique et votre sens de l'organisation ; - votre autonomie, votre capacité d'initiative et votre esprit d'analyse ; - votre curiosité scientifique et votre goût pour les approches interdisciplinaires ; - votre capacité à travailler au sein d'équipes pluridisciplinaires et de collaborations internationales ; - vos qualités rédactionnelles et votre aptitude à communiquer vos résultats à différents publics. Une bonne maîtrise de l'anglais scientifique, à l'écrit comme à l'oral, constituera un atout.

2026-793 - Ingénieur en microbiologie H/F

Wed, 22 Jul 2026 13:23:44 Z

Domaine / métier : SCIENCE - BAP A : Sciences du vivant, de la terre et de l’environnement/A1A41 - Ingénieur-e biologiste en analyse de données
Poste ouvert aux : : Contractuels
Description du poste :
Sous la responsabilité de directeurs de recherche IRD dans l’UMR TransVIHMI, vos activités seront les suivantes : Concevoir et organiser le traitement et l’analyse des données de séquençage : génotypage, matrice de distances, construction phylogénétique (méthodes probabilistes bayesiennes et de ressemblance, méthodes de distance …), dépôt des séquences générées sur les bases de données internationales. Élaborer et réaliser les analyses NGS. Concevoir et participer aux analyses de biologie moléculaire : amplication génomique (PCR, qPCR), préparation des librairies avant séquençage nanopore ou illumina (MiSeq ou HiSeq), séquençage (sanger, NGS). Participer aux réunions régulières du consortium organisées par l’OMSA, opérateur du projet ZOOSURSY. Élaborer et rédiger les rapports d’activités associés au projet ZOOSURSY. Animer et organiser un transfert de compétences vers les partenaires au sud de TransVIHMI dans le cadre du projet. Collaborer, avec l’assistante de l’unité et les autres collaborateurs impliqués dans le projet, au suivi budgétaire du projet ZOOSURSY et à l’élaboration des rapports financiers annuels. En cas de nécessité, s'impliquer dans les autres activités du projet ZOOSURSY se déroulant dans les cinq pays. Votre future équipe Vous rejoindrez le groupe "VIH, Ebola et autres infections virales" au sein de l’équipe 1, intitulée "Diversité génétique, Résistance, Emergence, Interface homme/faune sauvage des maladies infectieuses et du VIH", basée à la Direction régionale Occitanie de l’IRD à Montpellier. Vous conduirez les activités du projet ZOOSURSY au Cameroun, la République de Guinée et la Republique Démocratique du Congo (RDC). Le projet ZOOSURSY, intitulé "Renforcement de la surveillance, de la détection précoce et de la prévention des maladies zoonotiques émergentes en Afrique", opéré par l’OMSA et financé par l’UE, a pour objectif principal de renforcer les systèmes de détection précoce et de surveillance de la faune et du bétail et de renforcer les services publics - notamment les services sanitaires et vétérinaires - impliqués dans la détection précoce afin de prévenir l'apparition de maladies zoonotiques à potentiel épidémique.

Vous avez développé les compétences suivantes : Expertise en analyse phylogénétique et en génomique évolutive. Expérience avérée en analyses NGS. Utilisation des techniques de biologie moléculaire (extraction d’acides nucléiques, PCR, migration sur gel). Connaissances en gestion de bases de données. Connaissance en virologie. Vous faites preuve des qualités humaines suivantes : Capacité à travailler efficacement en équipe et en collaboration avec des chercheurs, ingénieurs et étudiants. Excellentes compétences en communication orale et écrite, en français et en anglais. Rigueur et sens de l’organisation. Vous êtes titulaire d’un diplôme de niveau 7/8, Master 2 ou thèse en virologie et/ou biologie moléculaire. L’IRD, au cours de votre parcours professionnel, vous accompagne dans le développement de vos compétences. L’institut met à votre disposition un panel d’outils tel que le parcours digital d’intégration, l’accès à la formation permanente, à la promotion et la mobilité. L’IRD offre, en fonction des activités, la possibilité de télétravailler de 1 à 3 jours hebdomadaires. En rejoignant l’IRD, vous bénéficierez : De 32 jours de congés + 13 RTT (pour un temps plein à 38h30 hebdomadaire). Une restauration collective. Souscription annuelle (facultative) à l’Association des Œuvres Sociales : prestations vacances-loisirs et sportives-culturelles. D’une affiliation à la protection sociale complémentaire MGEN, offrant une couverture santé et prévoyance de qualité. D’un cadre de travail agréable, proche de la nature, desservi par le Tram ligne 5 et accessible en vélo et bénéficiant d’un système de co-voiturage (convention mobilité signée avec la métropole). Nos recrutements sont fondés sur les compétences, sans distinction d’origine, d’âge ou de genre et tous nos postes sont ouverts aux personnes en situation de handicap.