L'IRD est un organisme de recherche public français pluridisciplinaire qui, depuis près de 80 ans, s'engage dans des partenariats équitables avec les pays du Sud et dans les Outre-mer français.

Acteur de l'agenda international pour le développement, ses priorités s'inscrivent dans la mise en œuvre des Objectifs de développement durable (ODD).

Ensemble, scientifiques et partenaires de l'Institut proposent des solutions concrètes pour répondre aux défis globaux auxquels les sociétés et la planète font face. Cette relation gagnante-gagnante fait de la science et de l'innovation des leviers majeurs du développement.

L'Institut est placé sous la double tutelle du ministère chargé de l'Enseignement supérieur et de la Recherche et de celui chargé des Affaires Étrangères.

L'IRD en 230 secondes

L’unité de recherche « Diversité, Adaptation et Développement des Plantes » (DIADE) rassemble une centaine de chercheurs, ingénieurs, techniciens de recherche et stagiaires sur l’étude de plantes d’intérêt agronomique pour les pays du Sud. Les mécanismes contrôlant le développement de ces plantes, les impacts de la diversité génétique sur ces processus et leur importance pour l’adaptation des plantes aux conditions environnementales sont les cibles de ces travaux de recherche. L’unité est basée sur le centre de l’Institut de Recherche pour le Développement à Montpellier, et entretient des connections étroites avec, d’une part, l’université de Montpellier, et d’autre part, avec différents laboratoires partenaires internationaux, notamment en Asie du Sud-Est, en Afrique de l’Ouest et en Amérique latine.

Au cours de votre formation vous serez intégré à un sujet de recherche porteur durant lequel vous participerez à la gestion d’un projet (bio)informatique dans son intégralité de l’état de l’art au développement de méthodes informatique dans une équipe de recherche à l’interface biologie et math/informatique.

Pour étudier la diversité génétique au sein de populations, l’approche classique consiste à comparer des données de (re)séquençage d’individus de ces populations à un génome unique. Cependant, cette méthode présente des limites, notamment le fait de ne pas détecter des variations absentes du génome de référence. Cela a conduit à un changement progressif de paradigme, du concept de génome à celui de pangénome. Le pangénome regroupe l’ensemble des séquences présentes au sein d’une ou plusieurs espèces, incluant celles partagées par tous les individus (“core genome”) et celles présentes uniquement chez certains individus (« dispensable genome »).

La pangénomique constitue une approche alternative intéressante pour caractériser, plus exhaustivement, la diversité génétique, notamment à travers l’utilisation de graphes de pangénomes. Si plusieurs outils sont actuellement disponibles pour construire ces graphes à partir de génomes complets, très peu d’approches existent pour les « enrichir » à partir de données de re-séquençage de nouveaux individus ("longs »/ »short » reads") et  inférer la structure des individus (haplotype).

Sous la responsabilité de votre tutrice Christine Tranchant-Dubreuil, ingénieure de recherche bioinformaticienne, et en étroite collaboration avec Camille Carrette, doctorant CIFRE, vous serez formé à:

• Réaliser un état de l’art sur les outils, disponibles en 2025, (1) pour aligner des données de séquençage contre un graphe de pangénome et (2) pour inférer la structure des génomes des individus à partir d’un pangénome (année 1).

• Tester le premier outil développé dans le cadre d’un stage précédent sur un jeu de données réel (graphe complet et données de séquençage sur une centaine d’individus) pour évaluer sa robustesse (année 1).

• Développer les briques logicielles nécessaires pour inférer les haplotypes de grands nombres d’individus à partir du graphe de pangénome en prenant les riz asiatique et africain puis l’Homme comme preuves de concept (année 1-2).

Votre future équipe

Vous intégrerez l’équipe « PANgenome, Evolution et ECosytem » (PANEEC) avec une forte expertise en bioinformatique, génomique et pangénomique. Cette équipe s’intéresse notamment à la topologie des graphes de pangénomes, en particulier à leur structure (et les métadonnées associées), en développant des approches et outils pour manipuler, annoter et visualiser des graphes.
Vous évoluerez au sein du plateau bioinformatique iTrop avec une forte expertise en développement de logiciels bioinformatiques (méthodes Agile, GIT, workflows snakemake, containers singularity, science reproductible et ouverte) sur lesquels vous pourrez vous appuyer.

Vous avez développé les compétences / appetences suivantes :

• Intérêt pour les approches bioinformatiques liées à l’analyse de données génomiques.

• Intérêt pour Unix/Linux et langage Python ou similaire (Rust).

• Connaissance de l’anglais technique et scientifique du domaine niveau B2.

• Connaissances de base en biologie.

• Des compétences en statistique seraient appréciées.

Vous faites preuves des qualités humaines suivantes : 

• Goût pour le travail en équipe dans un milieu multidisciplinaire et le partage de connaissances.

• Autonomie, rigueur et sens de l’initiative.

• Adaptabilité technique et thématique / capacité à s’adapter face à un public de non spécialistes.

• Sens de l'organisation et de planification de ses activités en intégrant les contraintes externes.

Vous êtes titulaire d’un diplôme de niveau 6 (Bac +3) et êtes admis en Master Bio-informatique dans le cadre d’une modalité d’apprentissage.

Rejoindre l'IRD

L’IRD, au cours de votre parcours professionnel, vous accompagne dans le développement de vos compétences.

L’institut met à votre disposition un panel d’outils tel que le parcours digital d’intégration, l’accès à la formation permanente, à la promotion et la mobilité.

En rejoignant l’IRD, vous bénéficierez :

• Jusqu’à 32 jours de congés.
• Tickets restaurants OU d’une restauration collective (en fonction du site).
• Souscription annuelle (facultative) à l’Association des Œuvres Sociales : prestations vacances-loisirs et sportives-culturelles.
• Participation à hauteur de 15€/mois pour la protection sociale.